Schyłek życia

U schyłku życia Mortęskiej dalszy rozwój nowych fundacji oraz szkolnictwa klasztornego został zahamowany przez epidemię oraz wojnę ze Szwecją z lat 1626–1629. Mortęska musiała upuścić Chełmno i kilka lat spędzić poza swoim klasztorem, zaś same dobra klasztorne zostały zniszczone. Z Siostrami uciekła do Bydgoszczy, gdzie musiały cierpieć niedostatek. Ciężkim ciosem musiało być dla niej patrzeć, jak przez zniszczenia wojenne działo reformy podupada. Ostatnie swe lata spędziła na mozolnej odbudowie po zniszczeniach wojennych. Śmierć nie pozwoliła jej na spłaceniu długów.