Za jej rządów w klasztorze chełmińskim przeprowadzono szereg prac budowlanych, dobudowując do kościoła klasztornego kilka kaplic oraz przebudowując zabudowania klasztorne.
Pierwsze wysiłki skierowała na klasztor toruński, którego dobra i budowle zostały zagarnięte przez miasto. W 1590 roku uzyskała Magdalena w Warszawie poparcie króla i jezuitów, m.in. Piotra Skargi, a w 1593 roku nastąpiła intromisja do części dóbr, o resztę toczył się nadal proces. Zgromadzenie toruńskie było przez dwadzieścia lat z woli biskupa Kostki pod władzą ksieni chełmińskiej, która się nim opiekowała. Od 1588 roku starszą była tu s. Zofia Dulska, podskarbianka koronna. W 1591 roku pozwoliła ona, by Magdalena użyła jej posagu na ufundowanie klasztoru jezuitom w Toruniu, potem się jednak rozmyśliła, ale było już za późno. Powstał zatarg między obiema zakonnicami. W 1599 roku s. Zofia Dulska została ksienią w klasztorze w Toruniu i odtąd walka jeszcze się zaogniła.
Klasztor toruński oparł się przyjęciu reguły chełmińskiej mimo nacisków biskupów, a nawet ich rozkazów. Dopiero po śmierci s. Magdaleny Mortęskiej i s. Zofii Dulskiej w 1631 roku, konwent toruński, choć z narzekaniem sióstr przyjął surowszą regułę chełmińską. W sporze tym jednak ze źródeł wynika że racje miała s. Magdalena Mortęska, która stale wyciągała rękę do zgody, a opór ksieni Dulskiej spowodowany był ambicją.
Zauważyć można, że szlachta bardziej popierała ksienię Dulską, życie w internacie dla panien było też mniej klasztorne niż w Toruniu. Ksieni Dulska naśladowała działalność fundacyjną Mortęskiej i założyła klasztory: w Drohiczynie z fundacji Niemierzy w 1623 roku; w Radomiu z fundacji Tarłów w 1627 roku; w Łomży z fundacji Kossobudzkich w 1628 roku; w Grudziądzu z fundacji Działyńskich w 1631 roku.
W 1589r., s. Magdalena Mortęska uzyskała zgodę bpa Hieronima Rozdrażewskiego na przyjazd i przejęcie cysterskiego klasztoru w Żarnowcu wraz z jego dobrami. Następnie s. Mortęska zmieniła ten klasztor na benedyktyński, obsadziła go 7 mniszkami z Chełmna koło Torunia. Po śmierci ostatniej z sióstr – s. Zofii nastał czas 80– letniej nieobecności mniszek benedyktynek w Żarnowcu na Pomorzu. Na terenie klasztoru funkcjonowała jedynie parafia. Wspólnota ta przetrwała, aż do 1866r. W 1946r., nastąpiło objęcie na nowo Klasztoru i Kościoła w Żarnowcu przez Wspólnotę Mniszek Benedyktynek przybyłych z Wilna.
W 1590 powstał podległy Mortęskiej klasztor w Nieświeżu z fundacji Mikołaja Krzysztofa Radziwiłła „Sierotki”. (Obecnie teren Białorusi).
Za sprawą Magdaleny Mortęskiej sprowadzili się też jezuici do Torunia, głównej ostoi różnowierstwa na północy Polski. Nabyła dla nich dom i wyposażyła ich w potrzebne sprzęty i bieliznę, nie ustając później we wspomaganiu. Początki fundacji przypadły na 1591 r. , a sprowadzili się jezuici w 1596 roku, kiedy to ks. Piotr Fabricius przejął fundację.
W 1603 ufundowała klasztor w Bysławku jako filię Chełmna, a w 1604 został jej podporządkowany klasztor we Lwowie.
W latach 1604–1624 powstały z jej inicjatywy m.in. klasztory w Poznaniu, Sandomierzu oraz Sierpcu.
Klasztor Mniszek Benedyktynek w Jarosławiu został ufundowany w 1611 r. przez ówczesną właścicielkę tych ziem – księżnę Annę z Kostków Ostrogską, jako pierwszy w diecezji przemyskiej żeński klasztor. Benedyktynki przybyły do Jarosławia z klasztoru w Chełmnie na Pomorzu, zreformowanego według norm Soboru Trydenckiego przez świątobliwą Matkę Magdalenę Mortęską.
Początki klasztoru benedyktynek w Przemyślu który powstał dzięki Matce Mortęskiej, sięgają roku 1616, kiedy ks. Maciej Wolkiewicz wzniósł pierwszą drewnianą kaplicę p.w. Św. Trójcy na drugim brzegu rzeki San [„Na Zasaniu”]. On też z Jarosławia pomógł sprowadzić w 1626 r. kilka mniszek, które przystąpiły do budowy niewielkiego klasztoru, a w 1629 r. rozpoczęły regularne życie monastyczne. Klasztor ten stał się opactwem w 1694 r. na mocy decyzji biskupa przemyskiego Jerzego Olbrachta Doenhoffa.
Powołała także seminarium duchowne w Poznaniu w 1616, kształcące kapelanów dla odnowionych klasztorów. W 1618 roku przeniosła je do Torunia, gdzie jezuici założyli kolegium i gdzie nadzór był łatwiejszy.
Otworzyła także dom dla wysłużonych kapelanów w Chełmnie. Ta fundacja została zatwierdzona 18 września 1619 r. przez bpa Jana Kuczborskiego, który w swoim testamencie zrobił zapis na rzecz tego dzieła.
1 listopada 1623 roku do Klasztoru Panien w Drohiczynie przybyły pierwsze Benedyktynki – s. Zofia Kiszko, córka Mikołaja Kiszki, starosty drohickiego, wraz z 11 siostrami – które były formowane przez Ksienię Magdalenę Mortęską w klasztorze chełmińskim. Na pamiątkę dnia ich przybycia kościół otrzymał tytuł Wszystkich Świętych
Z nowo powstałych klasztorów w Wilnie, Kownie, Mińsku, Smoleńsku, Orszy, Przemyślu, Krożach usiłowała stworzyć kongregację, zjednoczoną jeśli nie organizacyjnie, to przynajmniej przez jednolite, dokładnie spisane i wszędzie przestrzegane prawa i zwyczaje. Bardzo leżała jej na sercu także jedność w samej wspólnocie. Świadczy o tym tekst Walety – jej duchowego testamentu. Dla swoich zakonnic stanowiła wzór żarliwej pobożności, ale była także świetną administratorką. Sprawy nowych fundacji przeprowadzała przez wszystkie trudności z wielką energią i zrównoważeniem.
W sumie kongregacja chełmińska za jej życia liczyła ponad 20 klasztorów pod przewodnictwem ksieni chełmińskiej.
Do odnowionych przez nią klasztorów wstępowały panny z najzacniejszych rodów szlacheckich i magnackich.
Porządkowanie spraw materialnych klasztoru i rewindykacja dóbr toczyły się przez prawie cały okres przełożeństwa Matki Mortęskiej. Odzyskiwane środki służyły do zakupu nowego sprzętu liturgicznego, utrzymania wspólnoty, na działalność fundatorską, na rzecz zabudowań klasztornych, które odnawiano i dobudowywano czy też nabywanie nowych majętności; na działalność wydawniczą i przekład dzieł ascetycznych a także dbanie o zbiory biblioteczne. Oprócz tego w obrębie murów udostępniały pomieszczenia dla ubogich studentów, kształcących się w pobliskim kolegium jezuickim. Zapewniały też schronienie pobożnym, samotnym kobietom, przeważnie dobrodziejkom klasztoru.
Magdalena Mortęska dbała zawsze o artystyczny wystrój wnętrz klasztoru i kościoła chełmińskiego, zamawiając obrazy w gdańskiej szkole Hermana Hana i u malarzy cechowych w Świeciu. W roku 1582r.,Magdalena Mortęska ufundowała renesansową kaplicę rodzinną od strony południowej kwadratową, pokrytą półkolistą czarną kopułą, we farze w Lubawie. Podczas II wojny światowej do kaplicy przy kościele Farnym wpadła bomba lotnicza, na szczęście nie wybuchła. Przez kilkadziesiąt lat uszkodzona bomba stała w kaplicy Mortęskich, w której znajduje się figurka Matki Bożej Lipskiej.
W roku 1626 roku na miejscu drewnianego kościółka w Sanktuarium w Lipach wzniesiono nowy, murowany. Budowę ufundowały trzy siostry Mortęskie: Magdalena, Anna i Zofia. Kościół był otoczony parkanem, a w jego wnętrzu znajdowały się trzy ołtarze i małe organy.
Podziel się.!